《建議》指出，把增強自主創新能力作為科學技術發展的戰略基點和調整產業結構、轉變增長方式的中心環節。這是從我國經濟社會發展的全局出發作出的重要判斷，是對未來五年乃至今后較長時間我國科技發展和產業結構優化升級作出的根本性戰略部署。
改革開放以來，我國科技發展水平和產業結構的技術構成發生了重大變化，勞動力素質也有了相當提高。但總的來看，面對日新月異的科學技術變革，面對日益強化的資源環境約束，面對以創新和技術升級為主要特征的激烈國際競爭，我國自主創新能力薄弱的問題已經日益成為發展的瓶頸制約。加快提高自主創新能力，是“十一五”時期引導我國經濟發展的重要任務，這是加快轉變經濟增長方式的迫切需要，是推動產業結構優化升級的迫切需要，是增強我國綜合國力和競爭力的迫切需要，也是在激烈的國際競爭中從根本上保障國家經濟安全的迫切需要。
“十一五”時期提高自主創新能力的客觀條件已經具備，主要體現在：一是國外技術儲備急于獲得新市場，這為我們發揮后發優勢，進行必要的技術引進和主動選擇創造了條件，使我國的自主創新有可能站在較高的起點上，并支付較低的成本；二是國內人才和科技儲備已有相當基礎，企業的研發能力有了明顯增強，這得益于我國改革開放政策的實施；三是巨大的內需市場將提供創新的廣闊空間；四是我國公共財政實力大大增強；五是激勵創新的體制和機制逐步建立，對產權和知識產權保護的力度加大，按要素參與分配已成為重要的分配原則，國家在稅收、折舊、財政和投資等方面支持自主創新的政策體系正在形成。
提高自主創新能力，必須堅持正確的方向和路徑。要大力提高原始創新能力，形成創新的重要基礎和科技競爭力的主要源泉。要大力加強集成創新能力，形成單項相關技術的集成創新優勢，努力實現關鍵領域的整體突破。要加快引進消化吸收再創新，充分利用全球科技存量，形成后發優勢加快發展。為了提高自主創新能力，必須確立企業在自主創新中的作用，加快建設產學研相結合的技術創新體系，努力實現新技術的產業化。要發揮政府的戰略導向、綜合協調和服務功能，創造更好的創新環境。強有力的創新激勵體系是增強自主創新能力的根本性制度保障，要深化科技體制改革，加快建立以保護知識產權為核心的激勵體制框架，建立和完善創業風險投資，增強稅收制度對創新的激勵作用，努力吸引集聚高層次創新領軍人才，為提高自主創新能力提供強大的動力來源。
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